Il 31 dicembre del 1854 viene ordinato sacerdote a Trento, nella cappella del palazzo vescovile, da Monsignor Giovanni Nepomuceno de Tschiderer. Prima che gli sia possibile partire per l'Africa passano quasi tre anni, ma intanto ha modo di perfezionarsi nell'arte medica. Nel veronese, difatti, scoppia un'epidemia di colera, con centinaia dl vittime. Destinato al paese di Buttapietra, Comboni vi esercita una tale generosa assistenza, da prete e da infermiere, che il commissario imperiale gli riserva un solenne encomio, dichiarando che Comboni "ha dato tutto se stesso a tutti". Era un buon tirocinio.